ほぼ同じものが見られる場合もあるが、それぞれに異なった生物が見られる。これは生物地理学の分野である。その立場からは、そのような地域ごとの差がどのように生じたのか、という問いかけを生むことになる。興味深いのは、それぞれが全く異なっていることはまれで、大抵は類似しているが異なる、という形が見られることである。また、これを生物個々から見れば、分布の狭いものや広いものがあることがわかる。それらは分類学の材料を提供するものであるが、たとえばクマの仲間はアフリカを除く世界中に分布し、それぞれに様々な種に分かれるが、概して高緯度のものほど体が大きい（ベルクマンの法則）。そのような知見は、生物が分布を拡大しながら、その姿を変えた可能性を示唆する。先に述べた適応放散や収斂もこの分野でより生き生きと観察できる。
さらに、孤島の生物には独特のものが見られる場合があるが、それが全くよそとかけ離れたものであるわけではなく、近い大陸にいるものから大きく変化したものと考えた方が無難である。さらに近隣の島がある場合、島ごとに少しずつ違いが見られる場合がある。ウォーレスはスンダ列島の生物に、ダーウィンはガラパゴス諸島の生物に重大な示唆を受けたようだ[要出典]と言われる。
島と大陸にみられる近縁種を説明するとき、ウォーレスが陸橋などによる大陸との接続を強調していたのに対して、ダーウィンは偶発的な移住を強調し、大陸接続説を嫌っていた。ダーウィンが他界する一年前（1880年）に出版された『島の生物』でも、接続説と移住説について激しく論争している[6]。
結局、ウォーレスのフィールドであるスンダ列島は氷河期にユーラシア大陸やサフル大陸（オーストラリア大陸＋ニューギニア島）と接続した歴史を持つ大陸島であり、ダーウィンのフィールドであるガラパゴス諸島は大陸と接続したことのない海洋島だったので、それぞれ自分のフィールドにおいては自説が正しかったことになる。
進化の直接的な証拠に最も近いのは、化石記録によるものであろう[要出典]ともされる。西洋では、化石は当初は古生物の遺物とは考えられず、岩石中に自然の、あるいは超自然の働きで生じるものと見なされた。生物と見なされた後、その研究には、比較解剖学もかなりの役割を演じている。調べるにつれ、現在生息していない生物であることがわかると、その解釈が問題になった[要出典]。 地学研究の立場からは、化石は距離の離れた地域間での年代比較の唯一の手がかりとなった。時代によって違う化石が出るという知識から、同じ化石が出れば、同じ時代に属するという判断ができる（地層同定の法則）。いわゆる示準化石であるが、当時は地質年代を知る唯一の手がかりであった。[要出典]信頼できる年代判定は、放射性同位体が利用できるまでは不可能であった。
それはともかく、時代によって出る化石が異なることを説明するには、神の創造が何度も行われたと仮定するよりも、生物が時間経過のなかで変化した、つまり進化があった、と考える方が合理的である[要出典]とされる。具体的に、進化の実在を示すと見られる化石の例をあげる。
進化の過程を、時間による変化を追ってたどれるように見えるものがある。たとえばウマの化石は、現在の大型で指が１本だけしかないものから、犬より小さく、4本指の先祖まで、その間を埋める化石がいろいろと出ている。
現在ははっきりと区別できる分類群の、中間型と思われる化石もある。有名な始祖鳥は、羽根の跡が残っていなければ、小型恐竜としか思えない骨格でありながら、全身が羽根で覆われ、鳥の特徴を示している（異論はあるが）。
化石は、さまざまな系統が、いつ発達したかを推定するのに重要である。初期の化石による証拠は、生物が硬化した体の部分、たとえば殻・骨・歯などを発達させるより前の時代にはまれであるが、古い時代の微化石や、古い化石化した生痕、それに若干の軟体性の生物化石が存在する。化石化という現象がむしろまれな出来事であり、掘り当てられるためには通常は化石になる生物に硬化した部分があって、しかもその死体が堆積している最中の砂泥のそばになければならない。したがって、化石からは、生物の進化に関するごくわずかな、偏った情報しか得られない。
ポイント 抜け毛 贈り物 学習指導 菜園 音楽 交通 豊胸 中国四国 養毛 行政書士 子育て ビジネス 実益 リラク 生活雑貨 介護 贈答品 楽器教室 墓地 学校 宿泊施設 プチ整形 地域情報 エイジ SEM促進 新築 経営 防犯 メンタル リサイクル 包茎 介護 墓石 予備校 事務用品 スクール 北海道東北 フレグランス 美容整形 養毛 エージェント タロット 介護 老人 メンタル 家電 パソコン アクセサリー 教育
共通祖先C（化石あるいは仮想されたもの）から分岐した生物Aや生物Bの持つ様々な形質のうちで、共通祖先Cが持っていた形質を原始的（祖先）形質、C→A，あるいはC→Bの進化の過程で獲得した形質を進化的（派生的）形質ということがある[7]。例えば、オナガルザル科の大臼歯が植物を剪断することに特化した二稜歯であることを進化的（派生的）形質、ヒト上科のY５型大臼歯は原始的（祖先）形質と表現する。これはエジプトのファイユーム盆地で発見された原始狭鼻猿類（狭鼻猿類の共通祖先だと考えられてている）の化石の大臼歯の特徴がヒト上科の方に似ていることを根拠としている[8]。
原始的（祖先）形質を多く保持する生物を「原始的」、進化的（派生的）形質を多く保持する生物を「進化的」と表現する場合があり[要出典]、さらに、前者を「下等」、後者を「高等」[要出典]とする場合がある。例えば、陸上植物を「高等植物」と表現する。しかし、これは陸上植物が藻類に対して派生的形質の多いことを表しているのであって進化の序列を示しているわけではなく、現存する生物がすべて進化の最新の段階にあることには変わりはない。
また、ある生物が原始的か進化的かは注目する形質による相対的なものである。例えば、現生硬骨魚類の鰾と四足動物の肺は、どちらもデボン紀の条鰭類であるパレオニスクス類などの原始的な肺から進化したと考えられている[9]。この場合、鰾と肺のどちらが原始的かをいうことはできない。鰾は浮力調節に、肺は空気呼吸に、各々特化しており、どちらも祖先生物の形質を保持していないからである。
化石生物の形質を多く保持している現生生物のことを生きている化石と呼ぶ場合がある。生きている化石は化石からはわからない情報のよりどころとして重視される。例えば、現生のシーラカンスLatimeria chalumnaeは化石種の再現に重要な情報を与えてくれる。しかし、「生きている化石は進化が止まった生物である」という認識は誤りである。化石種のシーラカンスは120種にも多様化しているし、現生種と化石種の形態的な違いも進化の結果である[10]。
科学者の中には、地球が約46億歳だ[要出典]と推測している人も多い。地表が冷えた後比較的早い段階に、単細胞生物は現れた[要出典]とも考えられている。10億年の内に、細胞呼吸の発展に必要な条件を提供して、酸素の光合成が発生し、地球の大気を急進的に変えた。次の20億年の間に基礎的な細胞のプロセスが全て発展した。その時に恐らく最初のウイルスが姿を現した[要出典]とする人もいる。今から10億年前に単純な多細胞の植物・動物が海に現れた[要出典]ともされる。最初の動物の出現のすぐ後の、カンブリア紀の爆発と呼ばれる期間は、現代の全動物の体制（門）のほとんどが見つかっている。約5億年前に、植物と菌類は地上に進出し、すぐに節足動物や他の動物が続いて、地上の生態系の発展につながった